Harran Üniversitesi Bitki Koruma Bölümü, 2000'li yılların başında kurulmuştur. Bugün Bitki Koruma Bölümü Entomoloji ve Fitopatoloji olmak üzere iki ayrı anabilim dalı olup, Entomolojide; böcekler, akarlar ve nematodlar ve Fitopatolojide ise funguslar, bakteriler, virüsler, yabancı otlar ve biyoteknoloji üzerinde çalışmalar sürdürülmektedir. Lisans eğitimine 2000-2001 yılında başlamıştır. Bölümde Fen Bilimleri Enstitüsü'ne bağlı olarak Yüksek Lisans ve Doktora eğitimi de sürdürülmektedir.
Bölüm kurulduğundan bu yana başta bölgemizin önemli kültür bitkileri olan pamuk, hububat, meyve-bağ ve sebzeler olmak üzere, bitkilerde önemli kayıplara neden olan böcek, akar, nematod, virüs, bakteri, fungus ve yabancı otlar üzerine çalışmalar sürdürülmektedir. Tarım alanlarında çok önemli verim kayıplarına neden olan hatta bazı durumlarda tarımsal üretimi sınırlandıracak boyutta zarar oluşturan bu organizmalara karşı en uygun mücadele yöntemleri, çevre kirliliği, doğal denge ve ekonomi göz önünde bulundurularak araştırılmakta ve uygulamaya aktarılmaktadır. Diğer taraftan da tarım sektöründe Bitki Koruma alt programından mezun olacak Ziraat Mühendisi yetiştirip sektörün ihtiyacını karşılanmaktır.