Biyoloji biliminin önemli bir kolu olan Ekoloji Ana Bilim Dalı'nda, ekoloji konusunda hem eğitim faaliyetleri hem de bilimsel araştırmalar yapılmaktadır. Ekoloji Ana Bilim Dalı'mızda yürütülen bilimsel faaliyetler sayesinde Türkiye’nin flora ve vejetasyonunun ortaya çıkarılmasına katkılar sağlanmaktadır. Bu bağlamda verilen dersler ile hem lisans hem de lisansüstü öğrencilere ekolojinin öneminin aşılanması ve çevre bilincinin kazandırılması hedeflenmektedir.

Ekoloji Anabilim Dalı’nda ağırlıklı olarak; Fitososyoloji, Sintaksonomi (Vejetasyon Ekolojisi), Flora, Fitocoğrafya, Biyolojik Çeşitlilik, Bitki Toprak İlişkisi, Tür Eylem Planı, Habitat İzleme, Koruma Biyolojisi, Ekosistem Planlaması, Populasyon Ekolojisi, Komünite Ekolojisi ve Ekosistem Ekolojisi konularında çalışmalar yürütülmektedir. Yapılan bilimsel çalışmalarda bölümümüz bünyesinde yer alan Vejetasyon Araştırma Laboratuvarı (VAL)’ndan yararlanılmaktadır.

Ekoloji Anabilim Dalı’nda hem ulusal (TÜBİTAK, BAP vb.) hem de uluslararası (Natura 2000, FAO vb.) projeler yürütülmektedir.